딱히 정답이 있는건 아닙니다.
지금 하시려는게 멀티 다클라 환경이시면, 하나의 스크립트로 만드시는게 좋고요.
하나의 프로그램만 사용하시는거면 서브 스크립트 또는 스크립트 가져오기를 사용하시는게 좋아요.

서브 스크립트는 각각 별도의 스레드를 생성하기 때문에 리소르를 많이 먹습니다. 그리고, 멀티 다클라 환경에서는 동시에 접근할 수 있는 가능성이 있는데요.
하나의 서브 스크립트에 동시에 접근하는 경우 리소스가 공유되지 않는 것들은 문제가 됩니다.
그래서, 이런 경우 리소스 공유 에러에 대한 처리도 별도로 추가해야 합니다.

충분히 테스트를 해보고, 환경에 맞는 방식을 선택하는게 중요합니다.
그렇더라도, 멀티 다클라 환경이시면 하나의 스크립트가 안정적이고요. 스크립트 하나만 쓰시는거면 서브 스크립트보다는 스크립트 가져오기를 쓰는게 좋아요.
서브 스크립트는 비동기 처리 상황이 아니면 가급적 사용하지 않는게 좋습니다.