Program.cs에 아래와 같이 이벤트를 하나 만듭니다.
AppDomain.CurrentDomain.AssemblyResolve += new ResolveEventHandler(ResolveAssembly);

그리고, 이벤트 핸들러는 아래와 같이 코딩하시면 됩니다.
static Assembly ResolveAssembly(object sender, ResolveEventArgs args)
        {
            Assembly thisAssembly = Assembly.GetExecutingAssembly();
            string fileName = args.Name.Substring(0, args.Name.IndexOf(',')) + ".dll";

            if (fileName.ToUpper().StartsWith("CUSTOM"))
            {
                string existModlueFullPath = Path.Combine(NGM.Models.Configuration.SystemConfigModel.CustomToolExtensionDirectory, fileName);

                if (!File.Exists(existModlueFullPath))
                {
                    existModlueFullPath = Path.Combine(NGM.Models.Configuration.SystemConfigModel.CustomFunctionExtensionDirectory, fileName);

                    if (!File.Exists(existModlueFullPath))
                    {
                        return null;
                    }
                }

                byte[] file = File.ReadAllBytes(existModlueFullPath);
                return Assembly.Load(file);
            }

            string resourceName = null;
            if (thisAssembly.ImageRuntimeVersion.Contains("v4"))
            {
                var resources = thisAssembly.GetManifestResourceNames().Where(s => s.EndsWith(fileName));
                if (resources.Count() > 0)
                {
                    resourceName = resources.First();
                    using (Stream stream = thisAssembly.GetManifestResourceStream(resourceName))
                    {
                        if (stream != null)
                        {
                            byte[] assembly = new byte[stream.Length];
                            stream.Read(assembly, 0, assembly.Length);
                            return Assembly.Load(assembly);
                        }
                    }
                }
            }
            else
            {
                foreach (string name in thisAssembly.GetManifestResourceNames())
                {
                    if (name.EndsWith(fileName))
                    {
                        resourceName = name;
                        break;
                    }
                }
                if (resourceName != null)
                {
                    using (Stream stream = thisAssembly.GetManifestResourceStream(resourceName))
                    {
                        if (stream != null)
                        {
                            byte[] assembly = new byte[stream.Length];
                            stream.Read(assembly, 0, assembly.Length);
                            return Assembly.Load(assembly);
                        }
                    }
                }
            }
            return null;
        }